即使发生工伤，公司不配合团体意外险的理赔程序，员工依然有可能获得理赔。

根据《中华人民共和国民法典》第五百二十二条规定，当事人约定由债务人向第三人履行债务的，债务人未向第三人履行债务或者履行债务不符合约定，应当向债权人承担违约责任。也就是说，如果团体意外险的受益人是员工，那么按照正常理赔流程，应由公司向保险公司提出索赔。但如果公司不配合，作为受益人的员工可以直接向保险公司起诉请求支付。

因此，如果发生工伤且公司不配合团体意外险的理赔程序，员工可以采取法律手段维护自己的权益。如有需要，建议您寻求专业的法律援助。