保护电子公章不被他人复制的方法有以下几种：

1. 确保电子公章的唯一性和不可复制性。使用数字证书或电子签名技术，确保公章的唯一性和不可复制性，从而防止他人复制。

2. 加密电子公章。使用加密技术对电子公章进行加密，确保只有授权用户能够访问和使用。

3. 合理设置访问权限。对电子公章的访问权限进行严格控制，只有授权人员才能访问和使用。

4. 使用安全存储设备。将电子公章存储在安全存储设备中，如U盘、移动硬盘或加密硬盘，并确保存储设备的安全性。

5. 定期更换密码和密钥。为确保电子公章的安全性，应定期更换密码和密钥，防止泄露和被窃取。

6. 限制共享和传输范围。如果需要共享电子公章，应限制共享和传输的范围，并确保传输过程中文件的安全性。

7. 使用防复制工具。可以购买专门的防复制工具来保护电子公章，防止他人复制或盗用。

总之，保护电子公章需要从多个方面入手，包括技术手段、管理制度和人员培训等。只有全面考虑，才能确保电子公章的安全性和有效性。