如果合租入住时间不一样，应根据实际入住天数来计算水费。一般来说，水费是按月度计算的，所以需要统计每个入住人员的实际入住天数并换算成月度。然后将每个人的月度水费累加起来，再根据实际用水量进行平分。

比如，如果三个人入住了整个月，而另一个人只入住了20天，那么他应该只承担20/30的水费。这样的计算方法合理公平，能够最大程度地减少不必要的纠纷和不公。