博斯腾湖内生长有池沼公鱼、鲤鱼、草鱼、鲢鱼、赤鲈等32种人工放养和自然繁殖的淡水鱼类品种，是新疆最大的渔业生产基地和中国最大的有机鱼生产水面。

博斯腾湖出产的乌鳢、鲢鱼、鳙鱼、鲤鱼、池沼公鱼、赤鲈、鲫鱼、青虾、草鱼等九个水产品种和大湖区10万公顷水域分别通过国家有机鱼产品和产地认证。